機械学習研究班

我々は、分子生物学や創薬に必要な新しいアルゴリズムの研究を行っています。
主な課題は以下の通り。

研究テーマ

■秘密計算を用いた化合物データベースの暗号化検索
■高速なクラスタリング法を用いた、リガンド結合部位の網羅的解析
■複合ソート法を用いたギガシークエンサーデータのクラスタリング
■生物医学センサーからの行動推定のための機械学習法



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Team Member

Koji Tsuda 津田　宏治
主任研究員 E-mail
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津田　宏治
キーワード

機械学習、カーネル法、タンパク質ネットワーク、構造化データ

David Du Verle ﾃﾞｰﾋﾞｯﾄﾞ ﾃﾞｭﾍﾞｰﾙ
JSPSフェロー
特別研究員
E-mail
キーワード

機械学習、遺伝子発現解析、時系列解析、遺伝子制御ネットワーク推定
　

論文リスト

  • ■J. Ito, Y. Tabei, K. Shimizu, K. Tomii and K. Tsuda: "PDB-scale Analysis of Known and Putative Ligand-binding Sites with Structural Sketches", Proteins, 80:747-763, (2012).
  • ■Y. Tabei and K. Tsuda. SketchSort: "Fast All Pairs Similarity Search for Large Databases of Molecular Fingerprints.", Molecular Informatics, 30(9):801-807, 2011.
  • ■K. Shimizu and K. Tsuda. SlideSort: "All Pairs Similarity Search for Short Reads.", Bioinformatics, 27(4):464-470, (2011).
  • ■E. Georgii, K. Tsuda and B. Schoelkopf: "Multi-way Set Enumeration in Weight Tensors", Machine Learning, 82(2):123-155, (2011).
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