細胞機能設計チーム

研究テーマ

■ 構造方程式モデリングによる細胞分化制御ネットワークの推定
■ 酵素活性からの特定成分分解メカニズムの解明
■ 微細藻類におけるバイオディーゼル産生経路の推定
■ 遺伝子発現データ分類のための距離学習アルゴリズムの開発
■ 薬物性肝障害研究のための機械学習的アプローチ


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Team Member

Kentaro Tomii 富井　健太郎
チーム長 E-mail
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富井　健太郎
キーワード

タンパク質立体構造予測、プロファイル比較、FORTE、配列アラインメント

Sachiyo Aburatani 油谷　幸代
研究員
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キーワード

遺伝子発現解析、共分散構造分析、ネットワーク推定

J-F.K. Pessiot J-F・K・ペシオット
産総研
特別研究員
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キーワード

machine learning, gene regulatory networks prediction, gene expression data analysis, cell differentiation

論文リスト

  • ■ Tsuji, J., Frith,　M., Tomii, K., Horton, P.: "Mammalian NUMT insertion is non-random", Nucleic Acid Res. (in press).
  • ■ Itsuki, A., Aburatani, S., Kanazawa: "Numbers and Biomass of Bacteria and Fungi Obtained by the Dilution Plate Count and Direct Microscopic Count Methods", S. J. Agric. Sci. and Tech. (accepted).
  • ■ Ito, J., Tabei, Y., Shimizu, K., Tsuda, K., Tomii: "K."PoSSuM: a database of similar protein-ligand binding and putative pockets", Nucleic Acid Res., 40, D541-D548 (2012).
  • ■ Ito, J., Tabei, Y., Shimizu, K., Tomii,K., Tsuda, K.: "PDB-scale analysis of known and putative ligand-binding sites with structural sketches.", Proteins, 80, pp.747-763 (2012).
  • ■ Aburatani, S.: "Application of Structure Equation Modeling for inferring a serial transcriptional regulation in yeast", Gene Regulation and Systems Biology., 2011-5. pp.75-88 (2011).
  • ■ Hatano, A., Chiba, H., Moesa, H.A., Taniguchi, T., Nagaie, S., Yamanegi, K., Takai-Igarashi, T., Tanaka, H., Fujibuchi, W.: "CELLPEDIA: a repository for human cell information for cell studies and differentiation analyses", Database (Oxford)., 2011 Oct 29;2011:bar046 (2011).
  • ■ Aburatani, S.: "Development of network inference among LexA/RecA-dependent manner genes in SOS response", Journal of Nucleic Acids Investigation., 1(1), pp.71-75 (2010).
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