生命情報工学研究センター[CBRC]

研究テーマ

■ 創薬標的タンパク質を対象にした、タンパク質立体構造モデリング、タンパク質-リガンドドッキングおよびタンパク質-タンパク質相互作用解析
■ タンパク質立体構造情報に基づく医薬分子設計、ケモインフォマティクス
■ タンパク質立体構造予測システムの開発
■ 分子動力学計算の高精度化のための基盤研究
■ 分子動力学計算によるタンパク質折りたたみ形成シミュレーションやアミロイドペプチド凝集メカニズムの解析
■ 民間企業等との共同研究を通じたインシリコスクリーニングによる医薬品候補化合物の探索と最適化

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Team Member

Takatsugu Hirokawa 広川　貴次

チーム長 E-mail

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キーワード

インシリコ創薬、ドッキングシミュレーション、タンパク質立体構造予測、分子動力学計算、Gタンパク質共役型受容体

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Chie Motono 本野　千恵

研究員

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キーワード

分子動力学　タンパク質安定性・フォールディング・立体構造予測　　

Tomoshi Kameda 亀田　倫史

研究員

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キーワード

分子動力学、レプリカ交換法、蛋白質フォールディング、アミロイド、凝集

論文リスト

• ■ Hosoya, T., Hirokawa, T., Takagi, M., Shin-Ya, K.: "Trichostatin Analogues JBIR-109, JBIR-110, and JBIR-111 from the Marine Sponge-Derived Streptomyces sp. RM72.", Journal of natural products, 75(2) pp.285-9(2012).
• ■ Watanabe, M., Kobayashi, T., Hirokawa, T., Yoshida, A., Ito, Y., Yamada, S., Orimoto, N., Yamasaki, Y., Arisawa, M., Shuto, S.: "Cyclopropane-based stereochemical diversity-oriented conformational restriction strategy: histamine H3 and/or H4 receptor ligands with the 2,3-methanobutane backbone.", Organic & Biomolecular Chemistry, 10(4) pp.736-745(2012).
• ■ Daiyasu, H., Hirokawa, T., Kamiya, N., Toh, H.: "Computational analysis of ligand recognition mechanisms by prostaglandin E2 (subtype 2) and D2 receptors.",Theoretical Chemistry Accounts: Theory, Computation, and Modeling (Theoretica Chimica Acta), 130, pp.1131-1143(2011).
• ■ Ikeda, K., Kameda, T., Harada, E., Akutsu, H., Fujiwara, T.: "Combined Use of Replica-Exchange Molecular Dynamics and Magic-Angle-Spinning Solid-State NMR Spectral Simulations for Determining the Structure and Orientation of Membrane-Bound Peptide.", J. Phys. Chem. B, 115(29), pp.9327-9336(2011).
• ■ Motono, C., Nakata, J., Koike, R., Shimizu, K., Shirota, M., Amemiya, T., Tomii, K., Nagano, N., Sakaya, N., Misoo, K., Sato, M., Kidera, A., Hiroaki, H., Shirai, T., Kinoshita, K., Noguchi, T., Ota, M.: "SAHG, a comprehensive database of predicted structures of all human proteins.", Nucleic Acids Res., 39 (Database issue) D487-93(2011).
• ■ Hirano, A., Kameda, T., Arakawa, T., Shiraki, K.: "Arginine-Assisted Solubilization System for Drug Substanced: Solubility Experiment and Simulation.", J Phys Chem B, 114, pp.13455-13462(2010).
• ■ Uchikoga, N., Hirokawa, T.: "Analysis of protein-protein docking decoys using interaction fingerprints: application to the reconstruction of CaM-ligand complexes.", BMC Bioinformatics, 11, pp.236(2010).