分子機能計算チーム

研究テーマ

■ 複合体構造計算技術の開発

大規模計算機の高度な利用により、タンパク質−.タンパク質のドッキング計算やタンパク質−糖鎖の相互作用に関する研究を行いタンパク質間ネットワーク解析へと発展させる。

■ 機能予測技術の開発

ＲＮＡ立体構造予測やタンパク質複合体の解析技術開発を行い、予測性能（精度・計算速度）の向上を目指し、またネットワーク・ダイナミクス解析による機能予測へと発展させる。

■ 大規模計算応用技術の構築

これまで培われた量子力学計算、分子動力学、ドッキング計算技術とデータベースに蓄積された情報を統合・連携させ、創薬支援研究や生体高分子制御研究へと繋げる基盤技術開発を行う。


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Team Member

Kazuhiko Fukui 福井　一彦
チーム長 E-mail
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福井　一彦
キーワード

分子シミュレーション、糖鎖、グリッド、HPC、タンパク質間相互作用、断片化反応、レーザー、光誘起反応

Atsushi Suenaga 末永　敦
招聘研究員
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キーワード

分子シミュレーション、タンパク質間相互作用、自由エネルギー計算、分子設計


Daisuke Tominaga 富永　大介
研究員
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キーワード

システム生物学、時系列解析、数式処理、数値最適化、遺伝子ネットワーク、S-system、周期性判定


Satoshi Yamasaki 山崎　智
産総研
特別研究員
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キーワード

タンパク質−核酸相互作用、核酸フォールディング、分子動力学シミュレーション


論文リスト

  • ■ S. Yamasaki, S. Nakamura, K. Fukui, "Prospects for tertiary structure prediction of RNA based on secondary structure information." Journal of Chemical Information and Modeling, 52, pp.557-567 (2012).
  • ■ K. Fukui, K. Takahashi, "Infrared multiple photon dissociation Spectroscopy and Computational Studies of O-Glycosylated Peptides." Analytical Chemistry, 84, pp.2188-2194 (2012).
  • ■ M. M. Gromiha, N. Saranya, S. Selvaraj, B. Jayaram, K. Fukui, "Sequence and structural features of binding site residues in protein-protein complexes: comparison with protein-nucleic acid complexes." Proteome Science, 9:S13 (2011).
  • ■ M. M. Gromiha, K. Fukui, "Scoring Function Based Approach for Locating Binding Sites and Understanding Recognition Mechanism of Protein-DNA Complexes." Journal of Chemical Information and Modeling, 51, pp.721-729 (2011).
  • ■ W. Nemoto, K. Fukui, H. Toh, "GRIPDB - G protein coupled Receptor Interaction Partners DataBase." Journal of Receptors and Signal Transduction, 31, pp.199-205 (2011).
  • ■ D. Tominaga, "Periodicity detection method for small-sample time series datasets", Bioinformatics and Biology Insights, 4, pp.127-136 (2010).
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