生体ネットワークチーム

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創薬支援、副作用予測等に実応用可能な生体ネットワーク解析技術を開発します。

生物知識情報、ネットワーク構造推定・動態解析技術を融合させ、計測データからのハイスループットなネットワーク構造推定・動態解析を行う総合的な技術を開発します。

研究テーマ

■生体ネットワーク情報基盤の構築

パスウェイ情報の知識処理技術の枠組を開発し、国際標準化を推進する。計測および文献データの効率的な入力技術、ネットワーク解析技術、動態解析技術を統合したパイプラインを開発し、各開発技術を高付加価値化する。

■生体ネットワークの構造推定

計測データから推定したネットワーク構造と文献知識に基づいた既知ネットワークとの整合性評価技術を開発し、疾患関連ネットワークの構造予測に基づく薬理副作用予測支援を行なう。

■生体ネットワークの動態解析

計算機代数によるコンパートメントモデルに基づいたネットワーク動態解析技術を開発し、アポトーシス関連ネットワーク動態解析を通じて、創薬支援技術の実用化を進める。

Team Member

Katsuhisa Horimoto 堀本　勝久
チーム長 E-mail
website
堀本　勝久
キーワード

統計的関連・因果推定、代数算法

Kenichiro Fukuda 福田　賢一郎
研究員
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E-mail
キーワード

Pathway informatics, Pathway database, Ontology, Semantic Web, Knowledge Representation, Logic, BioPAX, OBO (Open Biomedical Ontologies)

Masahiko Nakatsui 中津井　雅彦
産総研
特別研究員
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E-mail
キーワード

遺伝子ネットワーク、代数生物学


論文リスト

  • ■ Aburatani, S., Saito, S., Toh, H. and Horimoto, K.: A graphical chain model for inferring regulatory system networks from gene expression profiles. Statistical Methodology, 3, 17-28, (2006).
  • ■ Aburatani, S., Goto, K., Saito, S., Toh, H. and Horimoto, K. ASIAN: A Web Server for Inferring a Regulatory Network Framework from Gene Expression Profiles. Nucleic Acids Res., 33, W659-W664, (2005).
  • ■ Anai, H. and Horimoto K. (ed): Algebraic Biology 2005 - Computer Algebra in Biology. Universal Academy Press, Tokyo, (2005).
  • ■ Tominaga, D. and Horton, P., Inference of Scale-free Networks From Gene Expression Time Series. J. Bioinfo. Comput. Biol., 503-514, (2006).
  • ■ Yamamoto, S., Asanuma, T., Takagi, T. and Fukuda, K., An Ontology for Annotation of Signal Transduction Pathway Molecules in the Scientific Literature: Molecule Role Ontology. Comp. Funct. Genom. 5, 528-536, (2004).

共同研究相手先

  • ■ 大学
    • 金沢大学
    • 京都大学
  • ■ 企業
    • 味の素株式会社
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