利用方法説明
タンパク質構造検索
PDB-REPRDB内のタンパク質断片指定画面

メソッド :

Kabsch 法（厳密なRMSD計算）を使用する。 検索対象のタンパク質断片を、PDB-REPRDBデータベース内のタンパク質チェイン から 切り出し得る全てのタンパク質断片と比較する。両者のアライメントにおいて ギャップを仮定しない。検索対象の断片を、データベース側の候補断片との間のRMSD （構造間の平均二乗距離の平方根）が最小となるように回転させる。その時のRMSD 値を計算する。報告する配列数をしぼり込むために、RMSDの閾値またはDmax （対応原子間距離の最大値）の閾値を指定することができる。

文献 :

W. Kabsch: "A discussion of the solution for the best rotation to relate two sets of vectors",
Acta Cryst. A34, pp.827-828 (1978).

使用方法 :

  1. 「サービス稼働状況」 をクリックして「タンパク質構造検索(PDB-REPRDB)」のサービスが ONになっていることを確認して下さい。
  2. 「データベース」を選択して下さい。
    現在選択できるのは PDB-REPRDB ( PDB代表タンパク質チェインDB ) のみです。
  3. 「検索の閾値」を設定して下さい。
    「RMSD距離」順 か 「Dmax距離」順 を選択します。 上限値と下限値に適切な閾値を設定して下さい。
    （両方を同時に省略することはできません。）
  4. 「最大報告数」を入力して下さい。
    この数を超える検索結果出力は省略されます。
    最大で 300 まで入力できます。
  5. 「PDB-REPRDBエントリ名」を入力します。
    PDB のエントリ名とチェイン名をそれぞれ入力欄に 入れて下さい。
    残基番号の開始位置と終了位置で断片の範囲を指定して下さい。
  6. サービスの稼働状況を見るには 'Service status' ボタンをクリックします。
  7. 入力フォームを初期状態に戻したいときは'Reset this form' ボタンをクリックします。
  8. 'Submit' ボタンをクリックすると処理が開始されます。
  9. 計算結果例