利用方法説明
タンパク質構造検索
アミノ酸配列完全一致検索指定画面
メソッド :
-
このサブメニュー(アミノ酸配列完全一致検索)での計算内容は、実際には
構造検索ではなく配列検索といえる。入力された配列を、PDB-REPRDB構造データ
ベース内の配列と比較し、一致する配列をもつ「構造」を報告する(ここが通常の
配列検索とは異なる)。報告された構造は構造ビュアーで観察できる。
アミノ酸変異やギャップは許さず「完全に」一致する配列断片(に対応する構造)
のみを報告する。
使用方法 :
- 「サービス稼働状況」
をクリックして「タンパク質構造検索(アミノ酸配列の完全一致)」
のサービスがON
になっていることを確認して下さい。
- 「データベース」を選択して下さい。
現在選択できるのは PDB-REPRDB ( PDB代表タンパク質チェインDB )
のみです。
- 「最大報告数」を入力して下さい。
この数を超える検索結果出力は省略されます。
最大で 300 まで指定できます。
- 「ラベル=」 のフィールドにはデータのタイトルを
入力して下さい。
- テキストエリア
「検索する配列断片(4残基以上)」 に配列を入力します。
入力できる配列長の上限は2,000残基です。
- 実行するサービスの稼働状況を見るには 'Service status'
ボタンをクリックします。
- 入力フォームを初期状態に戻したいときは 'Reset this form'
ボタンをクリックして下さい。
- 'Submit' ボタンをクリックすると処理が開始されます。
- 計算結果例