SATOH
daisuke, Ph.D.
AIST Research Staff, AIST, CBRC
Superposition of MD structure that satisfies all experimental restraints (pink) on a
representative NMR structure (ivory), which is closest to average structure of 18 models.
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Research interests:
- Structural Bioinformatics
- Molecular recognition
- Protein folding
- Free-energy calculation
- Molecular dynamics simulation (MD)
- Drug design
Publications:
Journal papers
- Daisuke Satoh, Kentaro Shimizu, Shugo Nakamura, Tohru Terada:
Folding free-energy landscape of a 10-residue mini-protein, chignolin,
FEBS Letters., 580, 3422-3426
(2006).
[PubMed link]
- Tohru Terada, Daisuke Satoh, Tsutomu Mikawa, Yutaka Ito, Kentaro Shimizu:
Understanding the roles of amino acid residues in tertiary structure
formation of chignolin by using molecular dynamics simulation,
Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics.,
73,621-631 (2008).
[PubMed link]
Book
- Bryan Bergeron [著]・清水謙多郎・中村周吾 [監訳] (「第２章 データベース」翻訳担当）
「バイオインフォマティクス・コンピューティング」 オーム社 （2004）
ISBN: 4274197255
Presentations:
- 佐藤大介
タンパク質の高次構造におけるデザイナビリティー
第２回バイオインフォマティクス勉強会 2001
- 佐藤大介
AP複合体μ鎖認識ペプチドの自由エネルギー摂動法を用いた予測
第２期情報生物学適塾
2002
- 佐藤大介, 寺田透, 松尾洋
AP複合体μ鎖認識ペプチドの熱力学的積分法を用いた予測
日本生物物理学会
第40回日本生物物理学会年会 2002
- 佐藤大介, 寺田透, 中村周吾, 清水謙多郎
WWドメインのフォールディング・シミュレーション
日本生物物理学会
第42回日本生物物理学会年会 2004
- 佐藤大介, 寺田透, 中村周吾,
清水謙多郎
Chignolinのフォールディング・シミュレーション
日本蛋白質科学会 第5回日本蛋白質科学会年会
2005
- 佐藤大介, 寺田透, 中村周吾, 清水謙多郎
Chignolin
のフォールディング・シミュレーション
第6回生体分子のダイナミクス研究会 2005
- 佐藤大介, 寺田透, 中村周吾,
清水謙多郎
Chignolinのフォールディング自由エネルギー地形
日本生物物理学会
第43回日本生物物理学会年会 2005
- Daisuke Satoh, Tohru Terada, Shugo Nakamura,
Kentaro Shimizu
Folding free-energy landscapes of 10-residue proteins.
EABS & BSJ 2006
- 佐藤大介
Intramolecular interactions to intermolecular interactions
生命情報科学若手の会 第１回研究会 2009
Recent Works:
- Molecular recognition and fluctuation
- Large scale molecular dynamics(MD) simulation
- Relationship between molecular function and disorder regeion
Links:
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