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代表論文
T Kushida, T. Takagi, Ken Fukuda. 2006 Event Ontology : A Pathway-Centric Ontology for biological processes Pacific Symposium on Biocomputing Vol.11, pp.152-163, 2006.
S. Yamamoto, T. Asanuma, T. Takagi and K. Fukuda. 2004.
An Ontology for Annotation of Signal Transduction Pathway Molecules in the Scientific Literature: Molecule Role Ontology.
Comp Funct Genom 2004; 5: 528-536.
福田 賢一郎, 山縣 友紀, 高木 利久. 2004.
複合グラフ構造による生命現象メカニズムのデータベース化.
情報処理学会論文誌：データベース, Vol.45 No.SIG7 (TOD22), pp.77-84.
K. Fukuda, T. Takagi. 2004.
A Pathway Editor for Literature-based Knowledge Curation.
APBC 2004, pp.339-344.(pre-print version here)
K. Fukuda, Y. Yamagata, T. Takagi. 2003.
FREX: a query interface for biological processes with a hierarchical and recursive structures. In Silico Biol. 4, 0007 (2003).
K. Fukuda, T. Takagi. 2001. Knowledge Representation of Signal Transduction Pathways. Bioinformatics,
Vol.17, Issue 9, pp.829-837.
(pre-print version here)
M. Yoshida, K. Fukuda, T. Takagi. 2000. PNAD-CSS: a workbench for constructing a protein name abbreviation dictionary. Bioinformatics,
Vol.16, Issue 2, pp.169-175.
K. Fukuda, T. Tsunoda, A. Tamura, T. Takagi. 1998.
Toward Information Extraction: Identifying protein names from biological papers.
The Pacific Symposium on Biocomputing '98, Jan.,
PSB'98, pp.705-716. PSB most cited paper
解説記事
福田 賢一郎. 2007. 生命科学におけるオントロジーとその利用. 人工知能学会, Vol.22 No.1, pp.70-76.
福田 賢一郎, 五斗 進. 2006. バイオ知識の形成と表現. 情報処理学会, Vol.47 No.3, pp.233-240.
雑誌記事
福田賢一郎, 2005. シグナルからシステムへー新しい知識基盤の登場, 実験医学, 羊土社, Vol.23, No.11 (増刊) pp.1789-1795.
福田賢一郎, 2002. パスウェイデータベース-知識の表現と利用, 実験医学, 羊土社, Vol.20, No.13 (9月号) pp.1861-1867.
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チュートリアル/講義
Bioinformatics and NLP Issues (with Toshihisa Takagi, Takako Takai), at the 19th International Conference on Computational Linguistics (COLING2002), 25 August 2002, Taipei, Taiwan., Zipped Version (1.86MB).
東京大学理学部生物情報科学学部教育と区別プログラム2008年度夏学期生命情報表現論
早稲田大学 理工学部 情報系の生命学
所属学会
情報処理学会
Association for Computing Machinery
日本バイオインフォマティクス学会
The International Society for Computational Biology
人工知能学会
日本バイオインフォマティクス学会 オントロジー研究会副査
リンク
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